Че за фигня?
Создаю номенклатуру. Ввожу товар(запчасти) сохранить-упорядочить-провести успешно. Смотрим ТОВАРЫ-нету! в той номенклатуре которую я только что создал пусто, зато приянтый товар в другой ветке где то есть.

Если вас правильно понял - то после создания категории (подкатегории или группы) товаров нужно выйти с программы (закрыть её), и только после последующего входа в программу можно будет добавить товар в созданную ранее категорию. Таковы особенности переноса данных с клиентской части программы в базу sql (mysql). Все глобальные правки сделанные в каталогах услуг или товаров хранятся какое-то время во временной папке на ПК до закрытия клиентской части программы, а лишь затем переносятся в саму базу данных.